Научно-инженерный центр был основан в 1990 году и объединил ученых различных кафедр Санкт-Петербургского государственного электротехнического университета (ЛЭТИ) и специалистов научно-исследовательских институтов, занимающихся разработкой систем сбора, обработки, анализа и интерпретации данных.
Основу научно-производственного коллектива предприятия составили научные сотрудники, преподаватели, аспиранты кафедр МОЭВМ, ВМ-1, ВТ ЛЭТИ, военные специалисты, прошедшие службу на полигонах, космодромах и в НИИ. Это позволило создать уникальный коллектив, способный решать важные задачи при разработке, производстве и поставке автоматизированных информационно-вычислительных систем гражданского назначения, а также систем военного применения для автоматизации полигонных испытаний перспективных образцов ракетно-космической техники.
В 1995 году НИЦ был реорганизован в Государственное предприятие «Научно-инженерный центр Санкт-Петербургского государственного электротехнического университета».
До 23 декабря 2004 года предприятие имело организационно-правовую форму Государственное предприятие «Научно-инженерный центр Санкт-Петербургского государственного электротехнического университета» (ГП «НИЦ СПбГЭТУ»), которое было преобразовано в открытое акционерное общество «Научно-инженерный центр Санкт-Петербургского электротехнического университета» (ОАО «НИЦ СПб ЭТУ»).
За 22 года с момента основания предприятие заняло передовые позиции на рынке информационных технологий, являясь системным интегратором и разработчиком информационного и программного обеспечения вычислительных комплексов и автоматизированных систем обработки данных. Также НИЦ является одним из ведущих предприятий отрасли по разработке и сервисному обслуживанию информационных систем для региональных органов государственного управления и оборонно-промышленного комплекса.